Особисте життя і сім'я Кіоко раніше була одружена з Джимом Хелфрічем, юристом, з яким у неї двоє дітей: Емі Оно Хелфріх, народилася 4 вересня 1997 року, і Джон Девід Єйсуке, народився 9 січня 2000 року..
У 1971 році, навчаючись у Махаріші Махеш Йогі на Майорці, Іспанія, колишній чоловік Оно Ентоні Кокс звинуватив Оно у викраденні їхньої дочки Кіоко з дитячого садка. Вони досягли позасудової угоди, і звинувачення були зняті. Зрештою Кокс переїхав з Кіоко. Оно не бачила доньку до 1998 року.
Отже, У Оно не було особливих стосунків зі своєю донькою до 1998 року. Хіт Оно 1971 року «Don't Worry Kyoko (Mummy's Only Looking for Her Hand in the Snow)» вважається піснею про кохання її єдиної дочки.
Джон Леннон і Йоко Оно мали лише одну спільну дитину. Джон пояснив, як вони змінили свій спосіб життя, щоб мати дитину. Дитина, Шон Оно Леннон, виріс і став музикантом. Джон Леннон і Йоко Оно народили спільну дитину на ім'я Шон Оно Леннон.
Оно ніколи не виходила заміж повторно після вбивства Леннона. У 2017 році нині 47-річний Шон підштовхнув Оно в інвалідному візку, щоб отримати премію Centennial Song від Національної асоціації музичних видавців.