Гідрофобні R-групи амінокислот не мають потенціалу для утворення водневих зв’язків з водою. Гідрофобні амінокислоти включають амінокислоти з R-групами, що складаються з вуглеводнів, або амінокислоти з неполярними R-групами, які не є вуглеводнями.
Гідрофобні амінокислоти. Дев’ять амінокислот мають гідрофобні бічні ланцюги гліцин (Gly), аланін (Ala), валін (Val), лейцин (Leu), ізолейцин (Ile), пролін (Pro), фенілаланін (Phe), метіонін (Met) і триптофан (Trp). Праворуч показана структура валіну.
Неполярні амінокислоти мають гідрофобну групу «R» і уникають контакту з водою та іншими рідинами. Гліцин, триптофан і аланін це деякі амінокислоти, які належать до неполярної категорії. Позитивно заряджені амінокислоти також називають полярними основними амінокислотами.
гідрофільний аргінін часто вважається найбільш гідрофільний з 20 природних амінокислот. Його бічний ланцюг містить великий гуанідинієвий фрагмент, здатний створювати до шести водневих зв’язків (рис.
Щоб визначити, чи є молекула гідрофобною чи гідрофільною (полярною), вивчити його хімічну структуру та виявити наявність полярних або заряджених функціональних груп, які зазвичай роблять молекулу гідрофільною, або відсутність таких груп, що загалом робить молекулу гідрофобною.