Спосіб застосування та дози Лонгідазу® застосовується підшкірно (поблизу місця ураження або під рубцовозмінені тканини) або внутрішньом'язово в дозі 3000 ME курсом від 5 до 25 ін'єкцій (залежно від захворювання) з інтервалом між введеннями від 3 до 10 днів.
Вміст ампули або флакону Лонгідазу розчиняють в 1-2 мл розчину прокаїну (0.25% або 0.5%). У разі непереносимості прокаїну препарат розчиняють у тому ж обсязі 0.9% розчину хлориду натрію для ін'єкцій або води для ін'єкцій.
Лонгідаза супозиторії 3000 МО рекомендується для ректального або вагінального застосування один раз на добу на ніч курсом від 10 до 20 введень. супозиторії вводяться лише ректально. Дорослим та підліткам старше 12 років ректально: по 1 супозиторію 1 раз на добу після очищення кишечника.
Для лікування простатиту використовують Лонгідазу у дозі 3000 МО 1 раз на 5 днів. Курс лікування становить 10–15 ін'єкцій. Свічки вводять 1 раз за день протягом 10 днів.