Автополіплоїдні організми мають більше двох наборів хромосом, які належать до одного виду, як-от рослина-контейнер. Аллополіплоїдні організми мають більше двох наборів хромосом, які походять від різних видів, наприклад, рослини пшениці, Triticum aestivum або роду бавовнику Gossypium.
Автополіплоїдія таксономічно визначається як наявність більше ніж двох копій кожного геному в організмі або виді, де присутні геноми мають походити від одного виду.
Алополіплоїдія виникає, коли кількість хромосом подвоюється через гібридизацію між видами; отримані копії генів називаються гомеологами [108].
Отже, яка різниця між автополіплоїдією та алополіплоїдією? Автополіплоїдія з'являється, коли особина має більше двох наборів хромосом, обидва від одного батьківського виду. З іншого боку, алополіплоїдія виникає, коли особина має більше двох копій, але від різних видів.
Два приклади природних автополіплоїдів: корейська рослина, Tolmiea menzisii і білий осетер, Acipenser transmontanum. Більшість випадків автополіплоїдії є результатом злиття невідновлених (2n) гамет, що призводить до триплоїдного (n + 2n = 3n) або тетраплоїдного (2n + 2n = 4n) потомства.
Плоїдність означає кількість хромосомних наборів, які має організм. Люди диплоїдні тобто ми маємо два набори хромосом. Однак організми, які мають більше двох наборів хромосом, відомі як поліплоїдні.