Матриці BLOSUM з великими числами є призначений для порівняння тісно пов'язаних послідовностей, тоді як ті з низькими числами призначені для порівняння віддалено пов’язаних послідовностей. Наприклад, BLOSUM80 використовується для тісно пов’язаних
, а BLOSUM45 використовується для більш віддалених вирівнювань.
Матриця BLOSUM80, що означає матрицю заміщення блоків, визначає логарифмічні показники шансів для співвідношення ймовірності появи двох амінокислот у послідовності до ймовірності появи двох амінокислот у будь-якій послідовності. Більші бали означають вищу ймовірність замін.
Скорингові матриці є використовується для визначення відносної оцінки, отриманої шляхом зіставлення двох символів у вирівнюванні послідовності. Зазвичай це логарифмічні коефіцієнти ймовірності того, що два символи походять від спільного предкового характеру.
Матриця балів, наприклад, BLOSUM50 [10], є використовується для обчислення балів вирівнювання пари залишків. Процес розширення припиняється, коли загальна оцінка вирівнювання стає нижчою за порогове значення. …
Для тісно пов’язаних послідовностей виберіть матриці BLOSUM, створені для дуже схожих вирівнювань, як BLOSUM80. Ви також можете вибрати матриці з низьким PAM, наприклад PAM1. Для віддалених послідовностей виберіть матриці з низьким рівнем BLOSUM (наприклад, BLOSUM45) або матриці з високим PAM, наприклад PAM250.
Початкові бали, знайдені на кроці 1, використовуються для ранжування послідовностей бібліотеки. Найвищий бал називається оцінкою init1.Якщо під час вирівнювання знайдено кілька початкових областей із показниками, вищими за значення CUTOFF, перевірте, чи можна обрізані початкові області об’єднати для формування приблизного вирівнювання з пропусками.