Архів PDB підтримується
в головному архіві, files.wwpdb.org (подробиці завантаження даних) та версійний архів files-versioned.wwpdb.org (подробиці для версій). Усі дані доступні по протоколу HTTPS. 17 травня 2024 року
Існує кілька способів пошуку PDB за послідовностями.
- BLAST шукає базу даних NCBI за допомогою опції «Послідовності з PDB».
- Пошук за шаблоном послідовності за допомогою параметра в меню «Редагувати».
- Шукайте за ідентифікатором за допомогою параметра в меню «Редагувати».
- Пошук за гомологією за допомогою параметра в меню «Редагувати».
Файл PDB можна завантажити перейдіть на ліву панель у розділі «Відобразити файли», потім клацніть правою кнопкою миші файл PDB, а потім «Зберегти посилання» Як… як показано обведено червоним. Після того, як ви зберегли файл у бажаному місці, тепер ви можете відкрити PyMol і переглянути структуру.
Файли PDB є найлегше отримати з RCSB але можуть містити варіативність, що робить їх несумісними з PyRosetta. Ліганди складні, оскільки PyRosetta має знати, який ResidueType ліганд. Немає загального ResidueType, і хімічної інформації достатньо, але PyRosetta загалом її не читає.
pdb зберігає всю інформацію про налагодження для файлу .exe проекту та знаходиться в \debug підкаталог.
Архів PDB підтримується wwPDB у головному архіві, files.wwpdb.org (подробиці завантаження даних) та версійний архів files-versioned.wwpdb.org (подробиці для версій). Всі дані доступні по протоколу HTTPS.