The Т4 лігаза найбільш часто використовується в лабораторних дослідженнях. Він може лігувати як когезивні, так і тупі кінці ДНК, олігонуклеотидів, а також гібридів РНК і РНК-ДНК, але не одноланцюгові нуклеїнові кислоти.
Найбільш використовуваними ферментами є ДНК-полімераза, зворотна транскриптаза, ДНК-лігаза, ендонуклеаза рестрикції, лужна фосфатаза. ДНК-полімераза виконує функції дублювання вмісту ДНК клітини під час поділу клітини.
ДНК-лігаза є фермент, який з’єднує ланцюги ДНК шляхом утворення фосфодіефірних зв’язків у процесі, який називається лігуванням ДНК. Зв’язок у дволанцюговій ДНК утворюється шляхом з’єднання 5′-фосфатного та 3′-гідроксильного кінців ланцюгів ДНК за допомогою АТФ як коферменту.
Т4 ДНК-лігаза — це лігуючий фермент, який можна використовувати з’єднувати фрагменти ДНК шляхом каталізації утворення фосфодіефірних зв’язків між розташованими поруч 5’-фосфатним і 3’-гідроксильним кінцями у дволанцюговій ДНК за допомогою АТФ як коферменту.
Після введення чужорідного гена використовується інший фермент, який називається лігазою щоб зшити плазміду. Плазміди є ідеальними векторами для перенесення нового гена в клітину-господаря, оскільки в природі плазміди регулярно передаються від однієї бактерії до іншої, де вони легко сприймаються.
У реплікації ДНК робота лігази полягає в тому, щоб з’єднують разом фрагменти щойно синтезованої ДНК, щоб утворити безшовну нитку. Лігази, які використовуються для клонування ДНК, роблять в основному те ж саме. Якщо дві частини ДНК мають збігаються кінці, ДНК-лігаза може з’єднати їх разом, утворивши нерозривну молекулу.